Het Agios Nikolaos Zaros klooster is gelegen in het zuiden van het Heraklion district. Het is te bereiken via de route Agia Varvara - Gergeri - Zaros - afslag naar het klooster. Het klooster ligt op zo'n 3 kilometer ten noorden van het dorp Zaros aan het begin van een kloof met dezelfde naam (de Agios Nikolaos kloof). De weg naar het klooster is ondertussen helemaal geasfalteerd. Het klooster van Agios Nikolaos is ook te bereiken via een wandelroute die begint bij het meer van Zaros. Ook als je terugloopt vanaf het meer van Zaros over de ongeplaveide weg naar het beginpunt, zie je het klooster in de verte liggen.
Oorspronkelijk was het klooster een soort dependance van het nabijgelegen Varsamonero klooster en het werd uiteindelijk verlaten. Nu is het grootste gedeelte van het Agios Nikolaos klooster een moderne aangelegenheid. Het is heel groot en de verf was in 2017 nog niet opgedroogd. Er waren ook nog stukken die nog niet af waren gebouwd, dus het klooster wordt nog groter. Het klooster van Agios Nikolaos heeft een grote en een aantal kleinere blauwe koepels en hij is versierd met mooie mozaieken. De klokkentoren staat los en is voorzien van een aantal klokken en een lichtblauwe koepel die op pilaren staat.
Achter het klooster en in eerste instantie uit het zicht staat het oudere gedeelte van het klooster met een rij cellen voor de monniken en de oorspronkelijke Byzantijnse Agios Nikolaos kerk, die stamt uit de 14e eeuw. De kerk staat aan een binnenplaats, bestaat uit twee kleine huizen en heeft een klokkentoren met 3 klokken. Binnenin de kerk zijn fresco's bewaard gebleven. Volgens de traditie is hij gebouwd op de plek waar eerder een tempel voor Poseidon stond. Ten oosten van het Agios Nikolaos klooster op 500 meter afstand ligt de kleine Byzantijnse grotkerk van Agios Eftimios met nog meer fresco's en een inscriptie uit 1438.