In het westen van Kreta, op 48 kilometer afstand van Chania tussen Topolia en Kartsomatado (Koutsamatados) in de kloof van Topolia zijn de Agia Sophia Grot en gelijknamige kerk te vinden. Als je in het westen van Kreta vanaf Kissamos naar het zuiden rijdt dan is er net na het dorpje Topolia een kleine tunnel en bij de uitgang aan je rechterkant zie je dan de opening van de Grot van Agia Sophia. Je kunt hier je auto parkeren en de trap opklimmen. Beneden is het Panorama Cafe waar je een verfrissing kunt bestellen voor of na het klimmen van de stenen trap. De kamer van de grot is erg groot en meet zo'n 100 bij 100 meter en hij is 20 meter hoog met mooie (en enkele enorme) stalagmieten en stalagtieten in verschillende vormen. Er is ook een kleine kerk in de grot met een ikoon. Volgens de overlevering is dit afkomstig uit Constantinopel. In de grot werden voorwerpen uit het Neolithicum en de Mino�sche tijd gevonden.
Agia Sophia grot betekent "De grot van de wijsheid van God". Hij ligt op een hoogte van 400 meter, dus er zijn aardig wat traptreden te gaan voordat je de grot bereikt. Hij is vernoemd naar het icoon die uit een tempel in Constantinopel komt. Deze tempel was gebouwd door de keizer Justinianus en het icoon werd door Kretenzische strijders meegenomen uit de stad. Zij waren naar Constantinopel gegaan om de stad te beschermen tegen de aanvallen van de Turken. Toen Constantinopel toch viel bleven de Kretenzers de toren verdedigen. Toen de Turkse bezetter ze vroeg om te stoppen mochten ze de stad verlaten met hun wapens en met wat ze verder mee wilden nemen. Veel van deze strijders kwamen uit Kissamos en zij namen het icoon mee om het vervolgens te verstoppen in een spleet in de Agia Sophia grot. Later werd er op deze plek een kapel gebouwd.
Tijdens de Venetiaanse periode van Kreta werden de toenmalige bischop (Misail Psaromilingos) en zijn broer in de grot onthoofd door zijn zoon. Zij offerden zichzelf op om een amnestie te verkrijgen van de Venetianen. De twee hoofden werden aangeboden aan de Venetiaanse heersers. Niet lang geleden zijn in de grot de twee skeletten zonder hoofd gevonden.